鉄道模型の多くは、線路に流れる電圧をコントローラーで制御して、車両に組み込まれているモーターの回転数を調節、速度をコントロールします。鉄道模型シミュレーターは、模型の動作と同様に電圧による速度調整で列車を運転します。複雑な操作なしに列車を気軽にコントロールできます。キーボードまたはゲームパッドで操作します。
※ゲームパッドについて
家庭用ゲーム機と同じような機能を持つ、ゲームパッドが市販されています。鉄道模型シミュレーターのビュワーは、ロジクール Rumble Pad 2、Playstation コントローラー（市販の変換コネクターで接続）にあわせて設計しています。すべてのゲームパッドでの動作を保証するものではありません。
速度調整
鉄道模型シミュレーターは、列車が操作対象の時、カーソルキーの上下で速度（鉄道模型の電圧）を調節します。
※画面に表示される速度は、ビュワー内部で列車にかかっている電圧から実際の速度へ変換した値です。鉄道模型シミュレーターのビュワー内では、電圧で制御しています。
※この他に、実際の鉄道と同じような運転感覚を再現するトランジスタコントローラーが鉄道模型では利用されています。また、複数列車の同時運転をコンピューターで制御することを目的としたデジタル信号コントローラーがあります。鉄道模型シミュレーターでは前者は、ビュワーの操作モードの切り替えで、後者はスクリプトシステムを利用することで同等以上の操作を実現できます。
警笛
運転中の車両でスペースキーを押すと警笛がなります。
運転方向
Homeキー（またはテンキーの＊）で運転方向が切り替わります。
操作対象の列車を切り替える
F6キーで順次切り替わります。