部品を置く場所の高さは、部品を移動したときに決定します。部品を移動すると、移動先にある部品に応じて、自動的に高さが計算されます。
線路、高架プレート、鉄橋、橋脚、そのほかのストラクチャーとそれぞれ、適切な高度に設定されます。
高さは、部品のジョイントまたは、回転原点が基準になります。ジョイントのある部品は、ジョイントが優先されます。ただし、一部例外があります。ターンテーブルはジョイントではなく回転原点を設置高度の判断に使います。
部品には、斜めに配置可能な部品と、常に水平な部品があります。オプションに高さを入力する項目が２つ表示される部品は、斜めに配置可能です。
線路、高架
橋脚と高架プレート、線路、鉄橋は、線路の状態にあわせて自動的に高さが決定されます。
「接続場所に橋脚がある場合」
橋脚＜高架プレート、鉄橋、線路の順番で自動的に適切な高度が設定されます。
「他の線路に接続する場合」
他の線路に接続できるよう、自動的に高さを接続先線路にあわせます。
通常線路にナローゲージ線路を接続した場合、通常線路の高さにあわせてナローゲージ線路を5.0mmの高さに自動設定します。
逆にナローゲージ線路に通常線路を接続した場合、ナローゲージ線路にあわせるため、通常線路を-5.0mmに自動設定します。
「設置済み線路に橋脚をおいた場合」
線路と線路を接続した箇所に橋脚を配置した場合、線路の高さを自動的に再設定します。このルールにより、線路を先に引いて、あとから橋脚を加えることで簡単に高架区間をつくれます。
「橋脚を取り外したあとで高さを決める」
高架区間から橋脚を取り外した直後は、線路が宙に浮いたままになります。次の手順で修正します。
高架区間に橋脚をセットした状態です。レールは、y=15.0になっています。
橋脚を取り除いた直後の状態です。レールは、y=15.0のままです。
再計算させるために、宙に浮いたレールを一度取り外します。取り外したら、橋脚にかかっていたもう1つのレール（[5]のレール）をクリックして、高さを再計算させます。
[5]のレールが正しい高度になったら、取り外していたレールをもとの場所に配置します。以上で、高度の再計算が完了します。
地形の高度
地形ポリゴンの高度は、20mmメッシュごとに固定小数点方式で記録されています。小数点以下は飛び飛びの値になります。設置時の基準となる地形高度は、指定座標に近い4カ所の記録されている地形ポリゴンの高度から浮動小数点方式での高さを求めています。数値精度の関係で誤差が多少発生します。
高架プレートスロープ
スロープ部品は、高架区間と地上をスムーズにつなげる役割を持っています。傾斜をもつ部品で、高架を接続する側のジョイントが高くなっています。地上側は、低くなっています。この部品の上に線路を配置した場合、高架側が橋脚で持ち上げたように高くなります。トミックス規格では、「ステップ」とよばれる部品が同様な機能を持っています。
高度の固定と手動設定
部品の配置高度を固定する場合は、オプションの「高さを固定する」をチェックしてください。チェックした部品は、移動しても高さは変化しません。
「高さを固定する」をチェックしてから、オプションの高さの項目に任意の数値を入力してください。
樹木と人形
樹木と人形は、密集しても、それぞれ、互いにつみあがらないようになっています。
部品の上面
部品の「上面」は、部品の形状とは別個に設定されています。たとえば、プラットホームは、ホームの屋根の上ではなくホームの床が「上面」になり、この上にほかの部品が配置されます。また、「上面」のない部品もあります。この場合は、部品を上に置くことができません。
| プラットホーム | ホーム上面（屋根は含まない） |
| 高架プレート | 線路を配置する面 |
| 建造物 | 一般に屋上の高さ |
| 上面なし | 上面はありません |
※傾斜している部品（高架プレートなど）の上に配置した場合、傾斜部分は高度計算に含まれません。近い方のジョイントの高度が採用されます。斜面の途中に部品を配置する場合は、高さを固定してから、オプションで数値を設定します。
※VRMのポリゴン部品は、固体ではなく仮想的な存在です。部品を形状に関係なく重ね合わせることができます。オプションで高さを固定してから、数値で高さを直接設定することで物体の上にのせずに重ね合わせることができます。
※傾斜可能な部品は、オプションに２つの高さを設定する入力エリアが表示されます。それぞれに高さを設定できます。傾斜可能な部品は、ビュワーでは特殊なシアー変形で表示されます。回転による斜め表示ではありません。（模型製品は、傾斜＝ローカル回転に相当します。）
※多層構造の路線を造る場合は、下層から順番にレイヤーをわけて制作するとスムーズに作業を進めることができます。下の層の敷設が完了したらレイヤーをロックして、次の層に作業を進めてください。